水冷式超低溫真空冷凍干燥機對環境溫度不敏感，不過它對冷卻水的要求更高，但水冷式的安裝較風冷式復雜；凍干機起源于19世紀20年代的真空冷凍干燥技術經歷了幾十年的起伏和徘徊后，在的20年中取得了長足進展。主機與真空泵之間由真空管連接，連接處采用卡箍。卡箍內含一只密封橡膠圈，連接前可在橡膠圈上涂抹適量真空脂，再用卡箍卡緊。
冷凍干燥機使用前，先將準備干燥的物品置于低溫冰箱或液氮中，使物品完全冰凍結實，方可進行冷凍干燥。主機的右側板上設有真空泵的電源插座，將真空泵的電源線連接好。檢查真空泵，確認已加注真空泵油，不可無油運轉。油面不得低于油鏡中線。 通常情況下，為了提高超低溫真空冷凍干燥機的質量穩定性，生產工廠會結合用戶要求與相關標準和氣候等因素把超低溫真空冷凍干燥機進行標準化。
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